肥料施到土壤里以后，其养分被作物吸收利用的，只是一小部分，是施肥量的1/3～1/2，其余大部分的养分都以不通的形势损失了。以我们通常施用的氮、磷、钾化肥为例，施到土壤里以后，其养分的去向，大体上包括以下四种：①被农作物利用； ②被水淋失；③成气态挥发；④土壤中残留。
在不同的土壤中，以上四种去向的数量差别很大。以硫酸铵为例，在耕地表面撒施，在石灰性土壤（偏碱性）和非石灰性（偏酸性）土壤上，其中氮被作物吸收利用的，分别为使用量的22.5％和50％；在土壤中残留的部分，分别为26.3％和21.4％。可见偏碱性的土壤上，氮的损失要大于偏酸性的土壤。在含氮化肥中，硫酸铵的稳定性是最好的，如果换成尿素和碳酸氢铵，则损失会更多，它们的利用率不到施用量的30％。氮的损失多半属于气态挥发，一部分被淋失。含磷的化肥施入土壤中，其大部分磷都残留在土壤中，可占总施入量的80％，残留在土壤里的磷可以为下茬作物所利用，磷很少有被水淋失和气态挥发的情况。含钾化肥施入土壤中，其中钾的作物利用率，是这三种养分中比较高的，一般在50％左右。