对君子兰危害最大的病害有软腐病、烂根病、软腐病，夏秋季高温多湿植株过密，通风不良，又施用氮肥过量时，易发生此病。最初由细菌侵入叶片或芯叶产生水浸状病斑。迅速漫延扩大，含水多，叶片只剩一层薄膜，用手轻压即破裂，后期产生恶臭，病叶变黄逐渐变成褐色软腐，有的不软腐但却干枯，全株软化腐烂而死，此病传染速度极快，必须及早防治，防止蔓延到其它植株。
烂根病是君子兰的易发性病症，易发生在夏天严热高温的环境里。症状为叶茎部以下根部腐烂。大兰从局部开始，逐渐扩散，导致根系全部腐烂。小苗烂根殃及叶芯往往使整株死亡。烂根比较好观察，只要用手推动假鳞茎，整株摇恍不稳或整株向一侧歪斜。即可能是烂根的表现，因此烂根病必须及时发现及早处理。烂根病的主要原因一是温度高，湿度大通风差易产生烂根。二是肥浓肥大，固体底肥边肥加的过多，造成发酵时烂根，生长期施水肥浓度过大，抑制了根的吸收能力，造成烂根。三是水份过大，发现表面层稍干就浇水造成土壤中水分过大，根系长期被水浸泡，导致烂根。四是土选用不好，用生土或长期不换新土，或换土时根系受伤伤口没有进行消毒处理，都是造成烂根的直接原因。可使用根腐灵、根腐消按照600-800倍液配合生根粉或者生根液一起灌根防止根部腐烂和土壤杀菌消毒处理。
软腐病是由细菌引起的一种对君子兰有致命危害的严重病害，必须加以高度重视及时采取防治措施。一是进入4月份不管病害产生与否都要进行定期喷药预防， 要加强花窖通风和遮阳降温，使用的药品有一农用链霉素总水800-1000倍。 整株喷洒每十天喷一次连续使用三次。甲基托布津总水800-1000倍，整株喷洒， 每十天喷洒一次连续喷洒三次，百菌清、多菌灵总水800-1000倍，整株喷洒， 每十天喷洒一次连续喷洒三次，用狄克松加水500倍浇灌土壤及假鳞茎部。 以上几种办法都起到良好的预防效果。病害发生时可用选用医用青霉素、链霉素等根据病害轻重稀释3000倍至5000倍喷洒叶面或用浓度高些的涂抹病部都有良好的效果。总之，必须采取预防为主的方法杜绝软腐病的发生。
