杀菌剂可根据作用方式、原料来源及化学组成进行分类。
    （一）按杀菌剂的原料来源分
    1、无机杀菌剂 如硫磺粉、石硫合剂、硫酸铜、升汞、石灰波尔多液、氢氧化铜、氧化亚铜等。
    2、有机硫杀菌剂 如代森铵、敌锈钠、福美锌、代森锌、代森锰锌、福美双等。
    3、有机磷、砷杀菌剂， 如稻瘟净、克瘟散、乙磷铝、甲基立枯磷、退菌特、稻脚青等。
    4、取代苯类杀菌剂 如甲基托布津、百菌清、敌克松等。
    5、唑类杀菌剂 如粉锈宁、多菌灵、恶霉灵、世高、丙环唑等。
    6、抗菌素类杀菌剂 井冈霉素、多抗霉素、春雷霉素、农用链霉素、农抗120等。
    7、复配杀菌剂 如炭疽福美、杀毒矾、霜脲锰锌、甲霜灵•锰锌、甲基硫菌灵•锰锌、甲霜灵—福美双可湿性粉剂等。
    8、其他杀菌剂 如甲霜灵、菌核利、腐霉利、扑海因、灭菌丹、克菌丹等。
    （二）按杀菌剂的使用方式分
    1、保护剂 在病原微生物没有接触植物或没浸入植物体之前，用药剂处理植物或周围环境，达到抑制病原孢子萌发或杀死萌发的病原孢子，以保护植物免受其害，这种作用称为保护作用。具有此种作用的药剂为保护剂。如波尔多液、代森锌、硫酸铜、代森锰锌、百菌清等。
    2、治疗剂 病原微生物已经浸入植物体内，但植物表现病症处于潜伏期。药物从植物表皮渗人植物组织内部，经输导、扩散、或产生代谢物来杀死或抑制病原，使病株不再受害，并恢复健康。具有这种治疗作用的药剂称为治疗剂或化学治疗剂。如甲基托布津、多菌灵、春雷霉素等。
    3、铲除剂 指植物感病后施药能直接杀死已侵入植物的病原物。具有这种铲除作用的药剂为铲除剂。如福美砷、石硫合剂等。
    （三）按杀菌剂在植物体内传导特性分
    1、内吸性杀菌剂 能被植物叶、茎、根、种子吸收进入植物体内，经植物体液输导、扩散、存留或产生代谢物，可防治一些深入到植物体内或种子胚乳内病害，以保护作物不受病原物的浸染或对已感病的植物进行治疗，因此具有治疗和保护作用。如多菌灵、力克菌、绿亨2号、多霉清、霜疫清、甲霜灵、乙磷铝、甲基托布津、敌克松、粉锈宁、、杀毒矾、拌种双等。
    2、非内吸性杀菌剂 指药剂不能被植物内吸并传导、存留。目前，大多数品种都是非内吸性的杀菌剂，此类药剂不易使病原物产生抗药性，比较经济，但大多数只具有保护作用，不能防治深入植物体内的病害。如硫酸锌、硫酸铜、多果定、百菌清、绿乳铜、表面活性剂、增效剂、硫合剂、草木灰、波尔多液、代森锰锌、福美双等。
    此外，杀菌剂还可根据使用方法分类，如种子处理剂、土壤消毒剂、喷洒剂等。