二阶段处理法是针对入侵红火蚁的生物特性开发，是目前各国针对入侵红火蚁所采取的最有效防除法。如前所述，入侵红火蚁族群核心在于蚁后，因此采用的防治方法如果无法有效灭除负责繁殖的蚁后，则该防治计划「只能治标，未能治本」。美国联邦政府于1970年代末期进行大规模的入侵红火蚁联合防治行动，喷洒药剂能够立即灭除在土表浅层活动的蚁群，而入侵红火蚁蚁巢因具地栖性、多孔蚁巢结构与觅食蚁道分散等特性，蚁后位于蚁丘内部受到重重保护，虽然表层入侵红火蚁密度于短期内迅速降低，但随后蚁巢又恢复原有规模，同时更造成农药残留等环境污染。
为能获致治本效果，近年来美澳等国已改采二阶段处理法（two-step control）来防治入侵红火蚁。第一阶段采饵剂（baits）处理，是将灭蚁饵剂洒在蚁丘周围让工蚁搬入蚁丘内部，以达到灭除蚁后的目的；第二阶段为个别蚁丘处理（individual mound treatments），是使用接触型杀虫剂等化学药剂或沸水、清洁剂等非药剂处理方式，来灭除活动中的工蚁、雄蚁，甚至是蚁巢内的蚁后。本法经美国、澳洲多年测试与改良，第一阶段先艾萨克布饵剂诱杀，7～10天后利用触杀型药剂进行第二阶段处理。澳洲采用此法处理二季后，其境内98%的处理区未再发现入侵红火蚁，效果优良。
第一阶段：饵剂处理
大部分入侵红火蚁饵剂用药是使用去油脂磨碎的玉米颗粒和大豆油混合；也就是黄色固体的材质是去油脂的玉米颗粒，作用的药剂原料是加在大豆油中，大豆油是饵剂吸引蚂蚁来取食的重要成分。但大豆油常常会因为过期而开始腐败，影响对蚂蚁的诱引力，所以需要在饵剂新鲜的时候尽快使用。饵剂中所使用的药剂大约可以分为两类：第一类为化学药剂（毒剂），第二类为昆虫生长调节剂（Insect Growth Regulators，IGR）。一般研究调查显示不管饵剂使用哪种药剂类型，所获得的防治效果都只能防除85%～95%的入侵红火蚁族群，明显的差异在于蚂蚁族群数量开始减少的时间点与减少速度；一般而言，生长调节剂的成效比较慢，但却能较持久而比较有效地控制红火蚁扩散。洒布灭蚁饵剂最低有效剂量的公式，大部分状况约每4000平方公尺需要洒1公斤的药剂。
饵剂洒布后，由职蚁带入蚁丘内，经由食物交换过程（trophallaxis）散布给族群内的蚁群，饵剂中灭蚁成份最后会转积于蚁后体内而灭绝蚁群。因此，饵剂有效与否的关键即在于杀虫成份能否顺利传达蚁后体中；而处理灭蚁饵剂虽然昂贵，但却能有效降低红火蚁密度进而根除，仍应采用饵剂进行防治。美国、澳洲使用的饵剂有芬普尼(Fipronil)、百利普芬(Pyriproxyfen)、赐诺杀(Spinosad)、爱美松(Hydramethylnon)、芬诺克(Fenoxycarb)、阿巴汀(Abamectin)、美赐平(Methoprene)等。
第二阶段 : 个别蚁丘处理
第二阶段处理时机为饵剂撒布后7至10日，防治方式是采用药剂防治法或非药剂防治法针对蚁丘逐一处理。当采用包括粉剂、浇灌、粒剂等接触型杀虫剂时，必须注意药剂是否能和蚁体直接接触，以确保灭蚁的有效性。此外，因入侵红火蚁移动快速并具攻击性，防治人员应穿戴手套及长筒胶鞋等保护装备，以防入侵红火蚁叮咬。